По-разному сложились в годы Великой Отечественной войны судьбы евангельских верующих. В силу богоборческой политики Советского государства две волны арестов 1937 и 1941 годов привели к тому, что значительное число ленинградских верующих, как евангельских христиан, так и баптистов, были расстреляны, либо оказались в тюрьмах и лагерях на Урале, в Сибири и Казахстане.

Оставшиеся на свободе братья пошли воевать, а сестры трудились на производстве, обеспечивая фронт всем необходимым. В кровопролитных боях под Ленинградом участвовал А.Н. Карпов. В сентябре 1941 года, когда враг штурмовал город на Неве, он ушел добровольцем в народное ополчение защищать город. 25 декабря в бою под Поповкой, во время атаки на сильно укрепленные позиции врага, он получил два пулевых ранения в голову.

На том же участке фронта получил тяжелое ранение В.А.Тараканов. Выйти живыми из той «адской мясорубки» могли только те, на ком был Божий покров. В одночасье гибли полки и батальоны, а Господь сохранил братьев, и они после войны были активными тружениками на ниве Божьей. Карпов был старшим пресвитером Ленинградской общины, а затем и Московской. Тараканов более 40 лет руководил домашними собраниями верующих в Колпино.

А существовала ли Евангельская церковь в блокадном городе? Следует дать справку, что последнее легальное собрание евангельских христиан было закрыто в Ленинграде в 1938 году. После этого в предвоенные годы церковь существовала в виде небольших групп, подпольно собиравшихся по квартирам, под постоянной угрозой ареста.

В начале войны, еще до наступления блокады, многие семьи верующих были эвакуированы из города, а оставшиеся верующие продолжали собираться небольшими группами, по 5-10 человек. Групп было несколько: на Невском проспекте, на Фонтанке, в Невском районе и в некоторых других частях города.

Была небольшая группа и у Нарвских ворот, с которой связано одно интересное воспоминание. То, что был голод, холод, неубранные тела мертвых лежали на улицах, - это общеизвестно. И вот эти верующие говорили: «Видно, настала великая скорбь, а мы оставлены здесь на земле. Признаки великой скорби налицо: глады, моры...» Тогда одна старица говорит: «Мы не принимали хлебопреломление. А Господь сказал: "сие творите в Мое воспоминание, доколе Я приду". Значит, Господь уже пришел, и потому мы не можем даже исполнить хлебопреломление. Нет у нас ни вина, ни хлеба!»

И такое большое уныние настало, что они все плакали, считая, что остались вне Господа. Тогда одна женщина сказала: «Давайте помолимся Господу и попросим. Если мы сможем провести хлебопреломление, значит, Господь еще не пришел». Все встали на колени и молились, а когда встали, то одна женщина предложила: «Давайте отделим каждый по половине от своего пайка, потом размешаем в воде и испечем хлеб». А другая говорит: «У меня есть немного сиропа, подкрасим, и это вместо вина будет». Они так решили, и в следующее воскресенье мужчина, руководивший той группой, совершил хлебопреломление. Какая это была радость и поддержка!

Еще жива петербурженка, врач, сестра-долгожитель Вера Павловна Горбунова, которой идет 104-й год. Вот ее свидетельство: «В декабре 1941 года меня вызвали в военкомат, выдали военный билет, присвоили звание капитана медицинской службы и отправили в распоряжение Ленинградского фронта для работы в госпитале. Всю блокаду я проработала врачом в осажденном Ленинграде. Город жил напряженной жизнью, держался, несмотря на голод, бомбежки, обстрелы, людоедство. Я уверена, что молитвы верующих, обращенные к живому Богу, помогли нам. Когда Авраам говорил с Богом, то Господь милосердный готов был ради десяти праведников помиловать Содом. А в Ленинграде в блокаду осталось много верующих, и их молитвы помогли городу выстоять».

В горниле страданий вновь пробудилась в народе вера в Бога. Кто-то сказал, что в окопах не было неверующих. Прошедший войну солдат рассказывал: «Когда лежишь под обстрелом и прижимаешься к матери-земле, а на тебя с воем летят снаряды, и любой может угодить по тебе, то кто бы ты ни был, ты вспоминаешь Бога». И многие взывали к Богу, ища у Него защиты, многие носили на груди зашитый 90-й псалом, повторяя его слова перед боем как молитву.

Война вынудила Сталина смягчить антирелигиозную политику. Он разрешил проведение Всесоюзной конференции евангельских христиан и баптистов, которая состоялась в Москве в октябре 1944 года и носила судьбоносный характер съезда. В результате два отдельных и, даже нередко соперничавших, союза объединились.

После этого события началось большое духовное пробуждение и массовая регистрация новых общин. В 1946 году к огромной радости верующих в Ленинграде тоже открылась легально церковь евангельских христиан-баптистов. Собрания в молитвенном доме на Охте были многолюдными, а крещение уверовавших в Христа в военные годы стало замечательным финальным аккордом Великой Отечественной войны.